De Provincie Drenthe heeft de tot nu toe gehanteerde referentiedatum, te weten 7 december 2004, voor een aantal Natura 2000-gebieden aangepast. Als bepalende data gelden de data van aanwijzing van de betreffende gebieden.
Toepassing hiervan zal plaatsvinden t.a.v. nieuw in te dienen aanvragen op grond van de Natuurbeschermingswet. Daarnaast zullen ook de onder art. 19 kd Natuurbeschermingswet ingediende aanvragen waarvan de procedure nog loopt, alsnog op deze wijzigingen beoordeeld worden. Dit kan betekenen dat er nog aanvullende gegevens betreffende deze aanvragen gevraagd kunnen worden.
De aangepaste referentiedata:
| Natura 2000-gebied | Referentiedatum | Type gebied |
| Bargerveen | 10-6-1994 | VHR |
| Drentsche Aa-gebied | 7-12-2004 | VHR |
| Drents-Friese Wold & Leggelderveld | 24-3-2000 | VHR |
| Drouwenerzand | 7-12-2004 | HR |
| Dwingelderveld | 11-10-1996 | VHR |
| Elperstroomgebied | 7-12-2004 | HR |
| Fochteloërveen | 30-11-1998 | VHR |
| Holtingerveld (Havelte-Oost) | 7-12-2004 | HR |
| Mantingerbos | 7-12-2004 | HR |
| Mantingerzand | 7-12-2004 | HR |
| Norgerholt | 7-12-2004 | HR |
| Witterveld | 7-12-2004 | HR |
| Leekstermeergebied | 25-4-2003 | VR |
| Zuidlaardermeergebied | 24-3-2000 | VR |
*VHR = Vogel- en Habitatrichtlijngebied, HR = Habitatrichtlijngebied, VR = Vogelrichtlijngebied
Voor de toetsing met AAgro-Stacks heeft dit eveneens gevolgen. Habitatrichtlijngebieden worden getoetst op habitattypeniveau. Gebieden die zowel Vogel- als Habitatrichtlijngebied zijn, worden aan de rand getoetst en ook op habitattypeniveau.
De vogelrichtlijngebieden Leekstermeergebied en Zuidlaardermeergebied worden als niet voor stikstof gevoelig aangemerkt. Deze gebieden hoeven dan ook niet te worden meegenomen in de AAgro-Stacksberekeningen.
