Het algemene beleid dat de ammoniakuitstoot en de daardoor veroorzaakte stikstofneerslag moet verminderen heeft onvoldoende effect om de biodiversiteit in Nederland te beschermen, met name in de daarvoor speciaal aangewezen Natura 2000 gebieden. Dat stelt de Algemene Rekenkamer in het onderzoek ‘Duurzaamheid Intensieve Veehouderij: vervolgonderzoek 2013’ dat op 22 mei 2013 is gepubliceerd.
De Programmatische Aanpak Stikstof (PAS) die de ammoniakuitstoot verder moet verminderen zal vanaf 1 januari 2014 worden ingevoerd. De staatssecretaris van Economische Zaken (EZ) is van plan om de helft van de milieuwinst die met de PAS wordt behaald, te gebruiken om uitbreidingen in de veehouderij toe te staan.
In het kader van de PAS scherpt het Ministerie van I&M met het gewijzigde Besluit huisvesting de eisen aan stalemissies voor nieuwe stallen nog verder aan. Bestaande stallen hoeven niet te voldoen aan de strengere eisen.
De Rekenkamer verwacht dat de ammoniakuitstoot in de melkveehouderij na 2015 stijgt, omdat na afschaffing van het melkquotum het aantal melkkoeien toeneemt. Het Ministerie van I&M heeft daarom besloten om (ook) de eisen voor uitstoot in de melkveehouderij aan te scherpen door ook eisen te stellen aan rundveestallen met beweiden. De maximale emissiewaarde zal naar beneden toe worden bijgesteld. Nieuw te bouwen stallen moeten emissiearm zijn.
De Nederlandse ammoniakuitstoot voldoet aan de Europese doelstelling. In 2010 kwam de totale Nederlandse ammoniakuitstoot volgens berekeningen van he RIVM uit op 122 miljoen kilo (122 kton). Dit is 6 kton onder het Europese plafond van 128 kton ammoniak. Van deze 122 kton is 105 kton (86%) van de landbouw afkomstig.
Het nationale beleidsdoel voor stikstofdepositie is echter nog niet bereikt. Het doel bedraagt een gemiddelde neerslag van 1.650 mol N per hectare per jaar over de Nederlandse ecosystemen (VROM, 2006). De stikstofdepositie bedroeg in 2010 1.731 mol per hectare en in 2011 2.061 mol per hectare. Ofschoon de stikstofneerslag in Nederland afneemt, overschrijdt de stikstofneerslag op veel plaatsen de hoeveelheid die de daar aanwezige natuur kan verdragen (PBL, 2012b).